与对降官宽容不同，周士相严禁军队参与地方事务，对有军官和降官勾结之事，发现一起处决一起。雷厉风行，绝不容任何人循私枉法，也不容任何人为之求情，哪怕之前战功赫赫，但触此雷线，定斩不饶。
各镇安军使的职责和权力进一步被放大，周士相计划稍后将成立类似宪兵部队的军纪执法队伍，以确保太平军从上至下不会腐化，不会堕落。
同时，周士相急令广东宋襄公，命其整肃广东吏治。同时加快太平军的军政人员培养，以便局面稍定之后能够立时有忠于太平军的新式政务人才接手新占领区的民务事。而之前所用降官，无才无德者则尽数去实职，委虚职。有才无德者视情用之，有才有德者则重用。
鉴于湘西多山多水，土匪又素来刁顽狡诈，对地形熟悉，一遇到太平军强大打击就化整为零，钻山进洞，分散逃逸。湘西汉民、土人久受土匪欺压，一些汉民、土人心存余悸，怕土匪事后清算，不敢相助太平军，使得湘西剿匪战果一时难以迅速扩大。
周士相特令从第二镇抽一旅、第九镇抽两旅，第六镇抽一旅，又清军降兵编两旅，新附由土官武装改编新汉兵一万两千人合编太平军湘西剿匪军，共计六镇4万人左右。
剿匪军成立之后，周士相又成立湘西剿匪指挥衙门，以军部官赵四海为剿匪经略官，以第二镇副将、蒙古人苏日勒为副经略。剿匪衙门统一指挥六镇剿匪军，偏沅巡抚郭廓宇负责剿匪军后勤供给、土人来附安置事。
根据周士相的意见，赵四海赶到驻地设于保靖南谓州的剿匪衙门后，及时总结各部先期剿匪经验，结合大帅所拟剿匪策略，把大庸、永顺、卢溪、凤凰、辰溪等16个州县划为中心区，龙山、桑植等八县划为边缘区，先集中力量进剿中心区土匪。
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