吴中行等被押解进京，最终还是在朝臣中引起了很大的反响。
也有不少朝臣为吴中行等上疏求情，且说国宜礼待儒臣，否则恐使天下人心。
而因此，朱翊钧也在政事堂对执政公卿正式提出了自己的看法。
“朕说过，万历十年以前，主少国疑，虽然先生秉国忠贞铁腕，但到底非君也，故百官对法纪纲常一些在所难免；但万历十年以后，再这么做，就是恃恩而骄了！故不能不严惩！”
“他吴中行虽然颇得人心，还是天下皆知的儒臣，但不代表他就可以乱法。”
朱翊钧说着就又补充了几句。
申时行听后就先起事道：“陛下说的是，吴中行等行贿朝中大臣，扰乱国政，结党钻营，被锦衣卫逮拿进京，是吏治清明的表现！”
“而如今，所谓天下人皆为吴中行不平，实则非天下人，而是天下多数士人，他们操纵了言论；”
“以臣之见，真要避免使这些人操纵言论，而使天下之公论成了偏狭之言，就只能真的策动天下人，护卫新政，护卫公正的舆论！”
“说下去。”
朱翊钧点了点首。
申时行拱手称是，且道：“王文成公已从祀文庙，而王学之精义在于百姓日用即道；太师也力主天下乃明人之天下，非只士林之天下，故要护卫新政，护卫公正的舆论，就不能只是臣等几个朝中公卿与陛下作为，也得靠市井百姓。”
申时行说着就看向潘成、梁梦龙等人：“既然执政之要除了富国强兵，还有惠民，那庶民既然受朝廷之惠，也得为朝廷之事，天下之事有所担当，也当有责焉！”
“故当让百姓等知道吴中行等如果废新政会造成何后果，组织他们一同护卫新政！”
“正合朕意！”
“根据抄吴中行等所得言论，他们主要力主废除的，除了利于小民和士兵的诸政务，就是利于军队遗孤诸政。”
“百姓这边，护卫新政之事，就由抚按负责。”
“军队遗孤这边，护卫新政之事，就由锦衣卫负责，尤其是锦衣卫自己的遗孤。”
朱翊钧点了点头吩咐道。
申时行则再次提议道：“陛下，惩办儒臣中的大恶者，最要紧的在于京畿和江南不能有变，江南有海公在，倒也没事，如今京畿诸巡抚与蓟辽总督更重于边防，既如此，不如另设一北直总督，专司保定巡抚与顺天巡抚所负责的几个畿内府县军民事，而只让蓟辽总督专负责蓟州、辽东之事。”
“同时兼北部海防大臣，作为海上缉捕盗贼与管理贸易用！”
朱翊钧这时补充了一句。
“陛下圣明！”
“臣荐少司马曾公省吾为此职。”
“曾公杀伐果断，位事精勤，善组民众，可为此任。”
申时行这时说了起来。
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