而空出来的吏部尚书则由海瑞升任，礼部尚书由于慎行升任，户部尚书则由南京户部尚书王遴升任，刑部尚书则由刑部左侍郎舒化升任。
另外，沉鲤升为内阁学士。
而朱翊钧在点完这些名单后便对申时行说：
「卿乃朕师傅，亦是朕师，他臣不能干涉朕内务之事，但卿可言之，使朕能更善燮理阴阳，而使天下万民得佑。」
申时行听后微微一怔，一时有些眼眶赤红起来，拱手作揖道：「臣谨遵陛下圣谕。」
朱翊钧则又道：「师傅今年刚满五旬了吧？」
申时行拱手回道：「是！有劳陛下挂念。」
「既已到知天命之年，宜当避风雪，而免因朝参损寿元，先生在世，朕就该早赐其肩舆的，否则可能也不会走那么早，所以师傅以后就乘肩舆入宫吧，以免受风雪催逼。」
朱翊钧说着就吩咐说：「就此拟旨，赐申师傅乘肩舆入殿之恩！」
申时行忙匍匐在地，叩首谢了恩。
能够和风细雨的解决皇帝与百官的矛盾，在朱翊钧看来，申时行是值得自己更加优待的。
「余卿的谥号定了没有？」
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